Был членом Акацуки, партнёром Сасори. Ещё не ясно каким образом и по какой причине он покинул организацию; Орочимару утверждает, что вышел из Акацуки, потому что Итачи оказался сильнее него и, следовательно, непригоден для Техники Бессмертия, однако неизвестно, говорит ли он правду. Несмотря на уход из Акацуки, кольцо Орочимару оставил у себя. Из-за этого предательства организация пытается убить его, посылая к нему шпиона Кабуто Якуши, которого заставляют забыть свою настоящую личность для более эффективной инфильтрации. Несмотря на всё это, Кабуто освобождается от данной техники, благодаря самому Орочимару, после чего решает остаться у него на службе.
Также Орочимару хотел избавиться от Акацуки по причинам, пока ещё не ясным. Его надеждам не суждено было сбыться, когда на него напал его ученик Саске Учиха. То, что осталось от Орочимару, вживил в себя Кабуто.